一、水稻分蘖角度的QTLs分析（论文文献综述）
陈雅[1]（2020）在《水稻分蘖角度基因TAC8的功能分析》文中研究表明
耿雷跃[2]（2020）在《基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘》文中研究说明土壤盐渍化是妨碍作物正常生长,影响作物高产稳产和种植面积扩大的重要限制性因素。种植水稻是改良和利用盐渍化土壤的经济有效途径之一,而水稻耐盐性遗传改良是在盐渍化土壤种植水稻的基础。水稻耐盐基因定位是水稻耐盐基因克隆和分子育种的必要条件,对推动水稻耐盐育种具有重要意义。本研究针对至今关于水稻耐盐QTL初步定位报道较多,而发掘耐盐基因较为困难的难题,通过水稻耐盐性梯度试验,建立耐盐性鉴定评价技术方法;以RIL群体和关联群体为研究材料,在温室和田间盐胁迫环境下开展分蘖期耐盐性的多年重复鉴定评价;利用全基因组重测序技术,通过连锁分析和全基因组关联分析分析策略,定位水稻耐盐性QTL位点;在盐胁迫和正常环境下,对RIL群体2个亲本以及耐盐显着差异家系开展RNA-seq分析,利用生物信息学方法进行水稻耐盐候选基因预测分析。其研究结论如下:1明确水稻分蘖期耐盐性鉴定的最适盐胁迫浓度为0.5%,表型调查最佳时间为盐胁迫处理4-6周后,以耐盐等级作为评价指标,可以准确鉴别水稻种质耐盐性差异。利用此鉴定方法对2886份水稻种质资源进行耐盐性鉴定,筛选出137份相对耐盐种质,为水稻耐盐遗传机理研究和新品种选育提供重要的资源支撑。2由吉冷1号×密阳23构建的RIL群体中,检测到1.81M高质量SNP标记,利用“滑动窗口”策略将上述SNP标记简化为3061个Bin标记。构建总长1408.03 cM、平均间距0.48 cM的高密度遗传图谱。该遗传图谱与水稻参考基因组具有较高的共线性,能够快速准确定位株高、生育期等高遗传力性状相关基因。基于上述RIL群体耐盐性鉴定结果,定位了12个耐盐相关QTL位点,其中6个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。搜索稳定QTL置信区间内已克隆基因,筛选到4个已知水稻耐盐相关基因:OsNAPL6、OsRR22、ONAC106和ONAC063。3利用关联群体开发了1.31M高质量SNP标记,估计群体LD衰减距离约为475 kb,可将群体划分为2个亚群。结合群体耐盐性鉴定数据,筛选到145个水稻耐盐相关SNP标记,位于19个QTL上。其中4个是在不同环境下能够重复检测到的稳定QTL。在稳定QTL附近,筛选到2个已经克隆水稻耐盐相关基因:OsDREB1D和OsRR22,5个未克隆渗透调节物质运输相关基因,可作为水稻耐盐候选基因。4通过水稻耐盐性差异转录组分析,筛选到515个水稻耐盐相关特异转录表达转录本,分布于480个基因上,其中有10个基因已经克隆,进一步验证了这些基因通过差异表达影响水稻盐胁迫反应。经比较转录组分析筛选出的水稻耐盐特异差异表达基因中,有20个基因位于QTL位点的置信区间内,重点关注Os02g0574100和Os11g0256300,作为影响水稻耐盐遗传调控的候选基因,有待进一步开展基因功能验证。
张继峰[3]（2020）在《粳稻株型相关性状全基因组关联分析及候选基因挖掘》文中进行了进一步梳理水稻株型相关性状包括株高、分蘖数、分蘖夹角、剑叶夹角及穗部性状。株型相关性状均是重要的农艺性状,是水稻产量因素的重要组成部分。株型形成涉及到一系列基因的表达和表达产物行使功能,因此对这些基因的挖掘具有重要意义。本研究利用295份来自世界各地的粳稻品种,于2018和2019年分蘖盛期调查水稻分蘖数和分蘖角度,齐穗期测量水稻剑叶角度,成熟期考察水稻株高和穗角度。结合高通量重测序获得的788,396个高质量多态性SNP,利用TASSEL 5.0软件的MLM模型进行全基因组关联分析,采用GEC软件计算出的有效独立SNP数目进行阈值的确定,判定SNP标记与目标性状关联的显着性。根据2年检测到的峰值SNP和水稻每条染色体LD衰减距离,确定粳稻株型相关性状主效QTL,并进一步提取共定位QTL区间内所有基因外显子区非同义突变SNP和启动子区SNP进行单倍型分析,结合基因注释筛选影响粳稻株型性状的候选基因。主要研究结果如下:（1）粳稻5个株型性状在2年中均呈现出广泛的表型变异,且2年总趋势基本一致。2018和2019年5个株型性状变异系数分别介于12.41-70.31%和12.46-79.96%。2018和2019年株高变异系数最小,分别为12.41%和12.46%;2年剑叶角度变异系数最大,分别为70.31%和79.96%;分蘖数2年变异系数分别为32.58%和29.55%;2年分蘖角度变异系数分别为21.75%和28.76%;2018和2019年穗角度变异系数分别为30.84%和29.51%。表型相关性分析显示,分蘖数与株高呈显着负相关,分蘖角度与分蘖数呈显着或极显着正相关,剑叶角度与穗角度呈极显着正相关,剑叶角度与株高呈极显着正相关,穗角度与株高呈极显着正相关。（2）采用TASSEL 5.0软件的MLM模型,分别对粳稻株高、分蘖数、分蘖夹角、剑叶夹角和穗角度进行全基因组关联分析,在P<5.46×10-6阈值条件下,2018-2019年共检测到54个影响水稻株型性状QTL,其中11个QTL（q PH2.4、q PH4、q PH6.1、q PH7.1、q TN9、q TA4、q FLA1、q FLA3、q PA1、q PA2和q PA5）在两年中能够稳定表达。（3）将本试验定位QTL与前人株型相关性状QTL和基因相比对,结果显示,q TN9、q PH2.4、q PH6.1和q PH7.1均位于已经定位水稻株型相关性状QTL区间内,q FAL3和q PH7.1区间分别检测到影响水稻叶角度基因Os RLCK107和株高发育基因Os PHR2,同时确定6个新的共定位株型相关QTL（q PH4、q TA4、q FLA1、q PA1、q PA2和q PA5）。对9个重要QTL（q PH2.4、q PH4、q PH6.1、q TN9、q TA4、q FLA1、q PA1、q PA2和q PA5）区间内所有基因进行单倍型分析,并结合基因功能注释分析预测10个影响水稻株型相关性状的候选基因。本研究剖析了5个水稻株型发育相关性状的遗传基础,预测了10个影响水稻株型相关性状QTL的候选基因,研究结果将为通过分子设计育种培育超高产水稻品种提供具有自主知识产权的优异基因,同时为后续株型相关基因的克隆奠定坚实的基础。
王勇祥[4]（2020）在《水稻TE2基因调控分蘖数的分子机理研究》文中指出水稻分蘖是构成水稻理想株型的重要因素之一,而有效分蘖数是水稻产量构成的关键因子之一。本实验室在前期鉴定了一个水稻分蘖相关基因TE2,该基因突变体的分蘖数较野生型显着减少。同时,我们通过转基因技术在野生型日本晴水稻中过表达该基因,获得了TE2-OE过表达转基因植株,过表达植株的分蘖数与突变体正好相反,分蘖数较野生型显着增加。将获得的突变体及过表达植株将其作为本实验的研究材料。本实验中主要利用分蘖芽观察、GUS染色、亚细胞定位、酵母筛库、酵母双杂互作分析、RNA-seq分析等实验技术,对TE2基因的功能进行探究。结果如下:（1）过表达植株TE2-OE分蘖期的分蘖数与成熟期的有效分蘖数都显着高于野生型对照,而te2突变体正好相反,分蘖数和有效分蘖数低于野生型。（2）对于其他农艺性状的统计,在千粒重、株高、单穗粒数、结实率、穗长、剑叶长、剑叶宽、粒长、粒宽、粒厚,发现三者都没有显着变化。统计了单株产量及50株小区产量,发现突变体显着低于野生型,过表达植株显着高于野生型。（3）对TE2基因进行组织表达分析时发现,该基因在水稻不同时期不同组织中都有表达,在分蘖芽、叶和鞘中的表达量较高。（4）TE2基因亚细胞定位主要在细胞质和细胞膜中表达。（5）通过酵母双杂交筛库和一对一验证,发现一个分蘖调控关键因子TAD1与TE2存在蛋白互作,且qPCR显示受TAD1调控的下游基因MOC1、OsH1与OsTB1表达发生显着性变化。（6）利用RNA-seq技术对te2突变体、TE2-OE过表达植株及其野生型对照进行转录组测序及GO、KEGG分析,发现参与细胞分裂素信号转导途径的相关基因OsCKXs、OsRRs等在突变体和过表达植株中均有显着差异。（7）在不同主栽品种中过表达该基因均能提高植株的的分蘖数和有效分蘖数。综上所述,TE2基因可能通过MOC1途径,影响其上下游基因的表达来调控水稻分蘖,同时可能通过细胞分裂素等植物激素途径来调控水稻分蘖。这些结果在丰富水稻分蘖分子机理知识内涵的同时,也为提高水稻分蘖的高产分子育种提供了新的理论支撑。
安俊航[5]（2020）在《影响小麦突变体dmc分蘖的能量代谢和miRNA调控研究》文中研究说明小麦（Triticum aestivum L.）是世界上最有价值和种植最广泛的单子叶植物之一。分蘖是单子叶植物基部的特殊分枝。分蘖不仅决定植物形态,而且影响作物产量。本研究以一个小麦矮化,不分蘖突变体dmc（dwarf-monoculm）为材料,通过组织及组织化学观察,MicroRNA（miRNA）组分析及其与转录组联合分析,测定光合、可溶性糖和激素生理指标等试验,分析dmc和亲本“国麦301”的分蘖发育过程差异。用RNA-Seq技术对突变体dmc和“国麦301”的miRNA组进行研究,筛选差异表达miRNAs（Differentially expressed miRNAs,DEMs）,对DEMs的靶基因进行功能注释,最终确定调控dmc小麦分蘖的miRNA-mRNA网络。本研究主要结果如下:1.组织学观察发现突变体dmc中主茎基部的分蘖分化和发育受到严重抑制,dmc的分蘖原基相比“国麦301”出现较晚且不能正常生长;组织化学观察发现dmc分蘖部位缺少典型分生组织的活力且分蘖原基蛋白质含量明显低于“国麦301”。2.在突变体dmc和“国麦301”之间共鉴定出454个miRNAs,其中有91个miRNAs显着差异表达（p<0.05）。在91个DEMs中,49个在dmc中高表达,42个在dmc中低表达。其中17个miRNAs具有功能注释,74个为预测的新miRNAs。这些DEMs的靶基因主要涉及结构分子活性、酶类调节活性、营养物种储存活性等生物学过程,这些过程被认为与dmc的表型是密切相关的。3.在自然条件下,分蘖期dmc突变体的光合能力明显低于“国麦301”。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析发现14个重要的DEMs靶向差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）参与碳水化合物代谢通路。分蘖时期dmc叶片和分蘖节蔗糖含量均低于“国麦301”。提示dmc的蔗糖含量降低可能由于其光合能力下降和蔗糖从叶片向分蘖节转运减少,导致了dmc能量不足,进而影响其分蘖。4.在突变体中有1 1个与生长素（Auxin,IAA）代谢相关的miRNAs高表达,以及参与赤霉素（Gibberellin,GA）生物合成的miR399高表达。通过比较三叶期“国麦301”和dmc的激素含量,发现“国麦301”中IAA和玉米素（Zeatin,ZA）的含量显着高于dmc,而GA的含量显着低于dmc,其中,“国麦301”中IAA的含量是dmc的1.4倍,ZA的含量是dmc的1.2倍,GA的含量是dmc的1.1倍,表明miRNAs参与调节突变体dmc激素代谢和信号转导,从而影响分蘖。5.鉴定出125对miRNA-mRNA存在负调控关系,其中包含40个关键的DEMs靶向45个DEGs,这些DEGs编码一些重要的生长调节因子（Growth-regulating factor,GRF）、生长素响应因子（Auxin response factor,ARF）以及与激素和碳水化合物代谢相关的蛋白质,说明这些miRNA在分蘖过程中发挥着重要的调控作用。
何胜[6]（2020）在《超级稻天优998重要农艺性状的遗传基础解析》文中研究指明为解析天优998高产优质的遗传基础,利用其母本天丰B（天丰A同核异质的保持系）和父本广恢998为亲本,构建了包含215个家系的重组自交系群体为作图群体。调查生长期动态数据、考察重要农艺性状的表型数据;通过测序构建了高密度的遗传连锁图谱,利用区间作图定位方法,对群体的株高、分蘖数、有效穗数、千粒重、整精米率、垩白、直链淀粉含量、糊化温度等产量和米质相关性状进行了QTL分析,主要结果如下:1.除了部分日期的分蘖数、稻草重（早季）、收获指数、精米率、糙米千粒重和精米长均值在RIL群体中呈连续偏态分布外,其他形状如株高、抗倒伏力、有效穗数、千粒重、整精米率、垩白、透明度、直链淀粉含量和糊化温度等在RIL群体中均呈连续正态分布,说明这些性状均为受多基因控制的数量性状。2.在RIL群体中定位到了控制茎秆性状的24个QTLs,其中影响株高的QTLs有17个,抗倒伏力有7个,它们分布在第1、2、6、7、10、11和12号染色体上,贡献率介于2.33%-19.09%之间。3.在RIL群体中定位到控制分蘖性状的QTLs13个,其中影响有效穗数的QTL 9个,最高苗数的QTL 4个,它们分布在第2、4、5、6、10、11和12号染色体上,贡献率范围为1.15%-9.30%。4.在RIL群体中定位到了控制千粒重和每穗粒数等性状的83个QTLs,其中影响千粒重（除20个稻米千粒重,还包含糙米千粒重14个和精米千粒重8个）的有42个,每穗粒数有15个,单株产量有7个,生物产量由5个,收获指数有14个,它们分布在除了第8号染色的11个染色体上,贡献率介于2.83%-28.25%之间。5.在RIL群体中定位到了控制加工品质性状的13个QTLs。其中影响糙米率的QTL有3个,精米率6个,整精米率4个,分别分布在第4、5、6、7、8、10和12号染色体上,贡献率介于4.10%-10.66%之间。6.在RIL群体中定位到了控制外观品质性状的37个QTLs,其中影响糙米长的有10个,糙米宽有10个,精米长有6个,精米宽有6个,垩白度有3个,透明度2个,他们分布在第1、2、3、5、6、8、10和11染色体上,贡献率介于2.83%-23.35%。7.在RIL群体中定位到了控制蒸煮品质性状的45个QTLs,其中影响胶稠度的的2个,直链淀粉含量的5个,最高粘度的1个,热浆粘度的4个,崩解值的2个,冷胶粘度的8个,消减值的3个,回复值的5个,峰值时间的8个,糊化温度的7个,它们分布在第2、3、4、5、6、7、8和10号染色体上,贡献率介于1.81%-69.48%之间。在本试验定位发现的QTLs中有大量与前人的研究结果是一致的,如第6号染色体bin1285-bin1305区间内同时存在控制大部分米质相关性状的QTLs,即与前人报道的Wx基因功能类似区间相同,这证明了本试验方法的正确性和结果的可靠性。本研究还发现了一些的未见前人报道的QTLs,如同Wx基因在6号染色体上的qHI6-2、qHI6-5、qHI6-6、qTGW6-2等控制千粒重和收获指数等的QTLs,该区域内存在数量多、贡献率大、表达稳定且尚未见前人报道,后期可进一步验证和精细定位研究。
黄卫衡[7]（2019）在《水稻不育系培矮64S分蘖角度基因的初步定位》文中研究说明水稻是世界上一半以上人口的主要粮食。我国水稻育种在经历矮化育种与杂种优势利用两次突破后,水稻增产遭遇瓶颈。为了进一步提高水稻产量,国内外育种家结合生产实践提出水稻“理想株型”模型,其中分蘖角度是构成水稻理想株型的一个重要农艺性状,合适的分蘖角度对塑造“理想株型”和提高产量有着重要意义。目前,培矮64S是应用最广泛的光敏不育系之一,具有配合力好和株型优良的特性。本研究以培矮64S和IR841杂交衍生的F2为基因定位群体,对控制水稻分蘖角度基因进行初步定位。主要的研究结果如下:1、对培矮64S和IR841进行长日照（16小时光照/8小时黑暗）和短日照（12小时光照/12小时暗照）两个梯度处理研究,结果显示在长日照的条件下,两亲本分蘖角度明显比在短日照条件下都有所增加,且IR841在不同光照周期下分蘖角度差异更显着。2、黑暗条件下,IR841对于重力变化更加敏感,而培矮64S对重力变化表现相对不敏感。3、培矮64S与IR841杂交获得F1的分蘖角度为大分蘖角度,F1自交获得F2的分蘖角度呈现连续分布,遗传分析表明,控制此水稻分蘖角度基因为数量性状基因。4、在水稻抽穗期,亲本分蘖基部组织观察结果显示,培矮64S分蘖基部节与相邻节之间对称生长,使分蘖基部直立,IR841分蘖基部节与相邻节之间不对称生长,使分蘖基部弯曲。5、利用QTL-seq定位方法,将目的基因定位在第6与第8号染色体上4个候选区段,分别在第6与第8号染色体上定位到3个和2个水稻分蘖角度基因。6、定量分析4个已克隆的水稻分蘖角度基因（LAZY1、TAC1、PROG1、LPA1）在IR841与培矮64S中的表达量差异不显着,说明不是这4个基因对水稻亲本的分蘖角度差异没有影响。
郭梓盛[8]（2018）在《尼瓦拉野生稻单片段代换系的完善及驯化相关基因的定位》文中研究指明栽培稻在经过长期的人工选择后,导致遗传多样性大大减少,而野生稻在自然生长的环境中积累了丰富的有利基因。将野生稻染色体片段导入栽培稻中,构建单片段代换系材料,挖掘和利用野生稻中潜在的优良性状基因,不仅有利于提高栽培稻的生产价值,还帮助人们探索和了解水稻进化过程。在前人的基础上,本研究以华粳籼74（HJX74）为受体亲本、尼瓦拉野生稻（O.nivara）为供体亲本,经过回交、自交和分子标记辅助选择相结合的方法构建一批尼瓦拉单片段代换系,并利用这些单片段代换系鉴定和定位了落粒、散穗、芒性、匍匐生长习性等驯化相关的基因。主要研究结果如下:（1）共获得了172份以尼瓦拉野生稻为供体的不重复单片段代换系材料,代换系材料分布于水稻12条染色体上,其代换片段的总长度为2068.75cM,相当于水稻基因组大小的1.36倍,总的覆盖长度为995.23cM,覆盖了水稻基因组的65.30%,其中有5条染色体的覆盖率超过了80%。（2）利用染色体片段代换系材料鉴定出了落粒和散穗2个与水稻驯化相关QTL,落粒和散穗性状材料均定位在水稻第4号染色体上,与前人报道的落粒基因SHA1和散穗基因SPR3为相同位点。（3）利用表现为芒性性状和匍匐性状的单片段代换系材料进行定位,其中芒性状材料定位在第3号染色体上短臂端28.8cM区间内,匍匐性状材料定位于第11号染色体64.6cM区间内。并以表现匍匐性状的单片段代换系ZS6和受体亲本W0为亲本进行杂交和自交,构建分离群体,确定为显性基因。本研究构建了以尼瓦拉野生稻为供体来源的单片段代换系群体,并利用这些材料鉴定出了一些与水稻驯化性状相关的基因,并初步定位出匍匐基因PROG2。这不仅丰富了本实验室的单片段代换系文库,为野生稻有利基因提供活体保存的平台,而且为研究水稻进化过程奠定可靠的基础。
徐晓鹏[9]（2018）在《控制水稻氮响应和产量相关性状QTLs的精细定位及其功能研究》文中指出水稻是世界上最重要的粮食作物之一,在各大洲均有种植,年均总面积超过160万公顷。为适应各地不同的地理环境、气候等条件,水稻在人类的驯化选择之下逐渐形成了不同的品种,在株型、穗型、粒型、养分效率、抗逆性等方面都具有明显的差异。氮是水稻生长和发育所必需的大量矿质营养元素之一。在缺氮条件下,施用氮肥具有显着的增产效果。但是,随着施氮量的增加,氮肥利用率逐渐降低,不仅增加了生产成本,还带来了很多的环境问题。因此,培育氮高效的水稻品种,在减少施氮的条件下获得较高的产量、同时避免因过量施肥而带来的环境问题,具有重要的理论和实践意义。本研究以筛选不同水稻品种响应供氮能力的差异为切入点,通过连锁遗传分析,定位了控制水稻产量及其氮响应能力相关性状的QTLs,主要结果如下:1、利用营养液栽培体系,对40份水稻自然资源材料进行筛选。发现NJ6号和QZL2号在株型、穗型以及氮响应能力等方面均具有显着的差异。进一步利用二代测序技术,对由NJ6号和QZL2号构建的重组自交系群体进行重测序,构建了总长度为1421.8 cM,标记平均间距为0.51 cM的高分辨率连锁遗传图谱。2、通过三年三点的田间试验发现,株高、剑叶长度、穗长和粒长显着正相关,而与叶色显着负相关;剑叶宽度和穗粒数显着正相关,而与分蘖数显着负相关。多环境多性状的QTLs分析表明,NAL1、DTH8和DEP1是重要的“一因多效”基因;SD1、GS3和GW5是控制株高、粒长及粒宽的稳定主效基因;NAL1在热带粳稻中受到强烈的人工选择,非洲稻中导入R型NAL1蛋白具有较大的增产潜力;OsSPL7和OsGRAS27可能是4号染色体上,控制穗部形态建成QTL位点的候选基因。3、营养液和田间氮肥试验均表明,分蘖数和穗粒数是水稻对氮响应幅度最大的两个农艺性状。相关性分析发现,水稻氮响应能力与产量性状显着相关。营养液栽培条件下获得的、控制水稻分蘖数对响应氮的重要QTL,qNGRTN9,与前人报道的DEP1属于同一位点;田间氮响应主效QTLs分析发现,SD1是控制株高对氮响应的重要QTL的基因,NAL1可能是控制株高、分蘖数对氮响应的重要QTL的候选基因;DTH8可能是控制剑叶长宽及叶色对氮响应的重要QTL的候选基因。结合RNA-seq数据分析发现,控制田间分蘖数对氮响应的QTL候选区段内,一个非生物胁迫响应基因OsTCP19同时也受低氮诱导表达。4、在三个氮水平下,一共检测到68个控制产量性状的QTLs。其中,三个氮水平下共有的QTLs 9个;低氮和中氮共有的QTLs 1个;低氮和高氮共有的QTLs 1个;中氮和高氮共有的QTLs 6个;低氮特异的QTLs 9个;中氮特异的QTLs 6个;高氮特异的QTLs 10个。在3号染色体上,三个氮水平下都检测到一个控制穗粒数的QTL,在高、中和低氮水平下的贡献率分别为7.15%、5.50%和6.65%,共定位区间为400 kb左右。检测到三个低氮特异的、控制分蘖数和一级枝梗数的主效QTLs,贡献率分别为10.32%、9.82%和8.00%。优异等位基因聚合分析表明,NAL1和DEP1基因聚合可以协同养分和产量,达到高效高产。5、为了验证候选基因DEP1调控水稻分蘖数对氮响应的功能,在武运粳7号的背景下构建了一对近等基因系WYJ7-DEP1和WYJ7-dep1。营养液实验初步表明,dep1抑制了氮对于水稻分蘖的调节作用;并且dep1调控水稻氮利用效率的机制,在不同供氮水平下有所不同。在低氮条件下,dep1主要通过促进氮吸收来维持生长,同时影响氮的再分配;而在高氮条件下,dep1主要通过提高氮的再利用能力来提高氮利用效率。综上所述,本研究通过二代测序技术,利用多年多点产量相关表型数据结合氮响应数据,系统分析了控制水稻产量相关性状及其氮响应能力的重要QTLs。结果表明,SD1、NAL1、DTH8和DEP1参与了氮对水稻生长和发育的调控,这些优异等位基因聚合可协同调控养分高效和高产性状。在3号染色体和4号染色体上,精细定位了控制穗粒数的QTLs并对候选基因进行了功能分析。发现了dep1在不同氮条件下,提高水稻氮利用效率的机制也不同。本研究揭示了水稻产量和养分协同调控的分子遗传机制,为培育“高产且高效”的水稻新品种提供了理论依据及候选基因资源。
胡春[10]（2018）在《水稻少分蘖突变体lt8601和卷叶突变体rl8354的遗传分析和基因定位》文中研究指明水稻分蘖和叶型是影响产量和塑造理想株型的的两个重要农艺性状。水稻分蘖数直接影响有效穗数,进而影响水稻单位面积产量;叶片是水稻光合作用的重要场所,是水稻重要的“源”组织。对水稻分蘖和叶型突变体基因的研究能够为超高产育种提供理论和材料基础。本研究利用EMS（甲基磺酸乙酯）诱变籼稻品种676R和188R分别得到一份少分蘖突变体（low tillering）lt8601和一份卷叶突变体（rolling leaf）rl8354,主要结果如下:1.水稻少分蘖突变体lt8601的遗传分析和基因定位（1）表型及农艺性状:lt8601在苗期无明显表型差异,分蘖期表现出少分蘖性状;农艺性状调查结果显示:与野生型676R相比,成熟期lt8601的单株有效穗数、株高、穗长、每穗着粒数、千粒重和结实率都表现出显着减少,分别减少了78.7%、25.3%、24.5%、29.7%、4.8%和6.7%,说明lt8601突变基因对植株生长产生了较大影响。（2）遗传分析:lt8601突变体与野生型亲本676R杂交,所有F1群体植株为正常的分蘖表型,F2群体表现正常分蘖植株和少分蘖植株两种类型,统计分析结果表明正常分蘖植株和少分蘖植株比例符合3:1,说明该性状是受1对隐性核基因控制。（3）基因定位:lt8601突变体与正常植株日本晴（NP）做杂交构建F2定位群体,通过SSR和InDel标记最终将该基因定位于RM023和S2两个引物之间的第1染色体短臂,遗传距离为2.3 cM和1.1cM,物理距离约为1026kb。（4）高通量测序结合MutMap方法进行基因定位及遴选候选基因结果显示:12条染色体上的SNP指数散点图只有第1染色体短臂上的SNP位点呈单峰分布,说明基因突变位点与第1染色体连锁,与前期定位结果相一致。进一步分析显示在第1染色体短臂仅有1个位点的突变引起氨基酸变化,且该位点位于定位区间,基因编码一个未知功能蛋白质,是新基因。因此,推测该突变基因可能是引起少分蘖突变性状的候选基因,暂且命名为lt8601。2.水稻卷叶突变体rl8354的遗传分析与基因定位（1）表型及农艺性状:rl8354表现出卷叶表型。农艺性状调查结果显示:突变体rl8354株高、穗长和千粒重都显着降低,分别降低了18.6%、18.1%和7.6%。单株有效穗数、每穗着粒数和结实率较野生型188R下降了12.3%、3.1%和4.0%。（2）遗传分析:rl8354突变体与野生型亲本188R杂交,F1群体植株为正常的叶型,F2群体表现正常叶型植株和卷叶植株两种类型,统计分析结果表明正常叶型植株和卷叶植株比例符合3:1,说明该性状是受1对隐性核基因控制。（3）基因定位:rl8354突变体与粳稻品种日本晴（NP）做杂交构建F2定位群体,将突变该基因定位于InDel标记H3和RM6641之间的第2染色体短臂,遗传距离为2.3cM和5.6cM,物理距离约为1189kb。该区间没有卷叶基因克隆的报道,故认为是一个新的水稻卷叶基因,暂命名为rl8354。
二、水稻分蘖角度的QTLs分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水稻分蘖角度的QTLs分析（论文提纲范文）
（2）基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 选题背景及意义 |
| 1.1.1 土壤盐渍化现状及应对措施 |
| 1.1.2 水稻耐盐性研究意义 |
| 1.2 水稻耐盐性研究进展 |
| 1.2.1 盐胁迫对水稻生物学影响 |
| 1.2.2 水稻耐盐性鉴定评价方法研究 |
| 1.2.3 水稻耐盐种质资源筛选与品种选育 |
| 1.2.4 水稻耐盐性基因定位 |
| 1.2.5 水稻候选基因预测 |
| 1.2.6 水稻耐盐基因克隆 |
| 1.2.7 水稻耐盐基因利用 |
| 1.3 研究目的和意义、技术路线及研究内容 |
| 1.3.1 本研究目的和意义 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 1.3.3 论文结构 |
| 第二章 水稻耐盐性鉴定评价方法及种质筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验管理 |
| 2.1.3 试验调查 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 水稻分蘖期适宜盐胁迫浓度确定 |
| 2.2.2 水稻分蘖期耐盐种质鉴定筛选 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 水稻高密遗传图谱构建及耐盐性连锁分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验设计与处理 |
| 3.1.3 SNP标记开发 |
| 3.1.4 统计与分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 遗传图谱构建 |
| 3.2.2 群体耐盐表型鉴定 |
| 3.2.3 QTL定位分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 QTL影响因素分析 |
| 3.3.2 QTL定位结果 |
| 3.3.3 候选基因预测 |
| 第四章 水稻耐盐性全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 群体耐盐等级评价 |
| 4.2.2 群体结构与亲缘关系 |
| 4.2.3 GWAS分析 |
| 4.2.4 候选基因预测 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 GWAS分析影响因素 |
| 4.3.2 GWAS分析结果 |
| 4.3.3 候选基因预测 |
| 第五章 水稻耐盐性比较转录组分析及候选基因预测 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.1.3 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 测序数据质量情况汇总 |
| 5.2.2 基因表达水平分析 |
| 5.2.3 基因差异表达分析 |
| 5.2.4 差异基因GO注释与富集分析 |
| 5.2.5 候选基因筛选 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 盐胁迫诱导特异差异表达基因 |
| 5.3.2 水稻耐盐性特异转录因子 |
| 5.3.3 水稻耐盐性渗透调节基因 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）粳稻株型相关性状全基因组关联分析及候选基因挖掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻株型相关性状的研究进展 |
| 1.1.1 株高研究进展 |
| 1.1.2 分蘖数研究进展 |
| 1.1.3 分蘖角度研究进展 |
| 1.1.4 剑叶角度研究进展 |
| 1.1.5 穗型研究进展 |
| 1.2 全基因组关联分析的研究进展 |
| 1.2.1 水稻全基因组关联分析的一般步骤 |
| 1.2.2 水稻重要农艺性状全基因组关联分析 |
| 1.3 本研究的目的与意义 |
| 1.4 技术路线图 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 田间试验设计 |
| 2.3 表型鉴定 |
| 2.4 表型数据分析 |
| 2.5 全基因组重测序 |
| 2.6 群体结构与亲缘关系分析 |
| 2.7 粳稻株型性状的全基因组关联分析 |
| 2.8 候选基因分析和单倍型分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 株型相关性状的表现 |
| 3.1.1 表型分析 |
| 3.1.2 相关性分析 |
| 3.2 全基因组关联分析 |
| 3.3 候选基因分析 |
| 3.3.1 粳稻株高候选基因分析 |
| 3.3.2 粳稻分蘖数候选基因分析 |
| 3.3.3 粳稻分蘖角度候选基因分析 |
| 3.3.4 粳稻剑叶角度候选基因分析 |
| 3.3.5 粳稻穗角度候选基因分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 与前人QTL分析结果比较 |
| 4.2 候选基因单倍型分析 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（4）水稻TE2基因调控分蘖数的分子机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 水稻分蘖的发生过程 |
| 2 水稻分蘖相关基因研究进展 |
| 2.1 水稻分蘖数遗传研究进展 |
| 2.2 水稻分蘖角遗传研究进展 |
| 3 水稻分蘖发生的分子机制 |
| 4 影响水稻分蘖发生因素的研究进展 |
| 4.1 植物激素对水稻分蘖的调控 |
| 4.1.1 生长素对分蘖的调控作用 |
| 4.1.2 细胞分裂素对分蘖的调控作用 |
| 4.1.3 独角金内酯对分蘖的调控作用 |
| 4.1.4 油菜素内酯对水稻分蘖的调控 |
| 4.2 影响水稻分蘖发生的环境因素 |
| 4.2.1 氮素对水稻分蘖的调控 |
| 4.2.2 旱涝对水稻分蘖的调控 |
| 4.2.3 温度对分蘖的调控 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 水稻TE2基因突变体与过表达植株表型鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 水稻材料 |
| 1.1.2 实验试剂和仪器 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 水稻DNA提取 |
| 1.2.2 水稻RNA提取 |
| 1.2.3 实时荧光定量PCR(q RT-PCR) |
| 1.2.3 载体构建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 水稻te2突变体的鉴定 |
| 2.2 水稻TE2过表达株系的鉴定及TE2基因表达量分析 |
| 2.3 水稻te2突变体与过表达植株的表型观察 |
| 2.4 水稻te2突变体及过表达植株的农艺性状统计 |
| 3 讨论 |
| 第三章 水稻TE2基因的分子机理研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 植物材料 |
| 1.2 实验菌株及质粒 |
| 1.3 实验试剂和仪器 |
| 1.4 实验方法 |
| 1.4.1 水稻的GUS染色 |
| 1.4.2 原生质体提取 |
| 1.4.3 酵母筛库 |
| 1.4.4 酵母双杂 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 水稻TE2基因的组织表达分析 |
| 2.2 水稻TE2蛋白的亚细胞定位 |
| 2.3 水稻TE2基因的酵母筛库 |
| 2.4 水稻TE2与TAD1蛋白互作 |
| 2.5 水稻分蘖相关基因的表达量分析 |
| 2.6 水稻te2 突变体及过表达植株的RNA-seq差异基因分析 |
| 2.7 水稻te2突变体及过表达株系的植物激素相关基因的表达量验证 |
| 3 讨论 |
| 第四章 TE2基因在不同栽培品种中的应用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 植物材料 |
| 1.2 实验仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 TE2-OE南粳9108TE2-OE盐稻8号TE2-OE浙辐802转基因植株构建 |
| 1.3.2 农艺性状调查 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 TE2-OE南粳9108转基因植株鉴定 |
| 2.2 TE2-OE南粳9108表型鉴定及农艺性状统计 |
| 2.3 TE2-OE盐稻8号转基因植株鉴定 |
| 2.4 TE2-OE盐稻8号表型鉴定及农艺性状统计 |
| 2.5 TE2-OE浙辐802转基因植株鉴定 |
| 2.6 TE2-OE浙辐802表型鉴定及农艺性状统计 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
（5）影响小麦突变体dmc分蘖的能量代谢和miRNA调控研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 单子叶植物的分蘖 |
| 1.1.1 单子叶植物分蘖发育遗传 |
| 1.1.2 单子叶植物分蘖发育的分子调控机制 |
| 1.2 小麦的分蘖发育 |
| 1.2.1 小麦分蘖发育过程 |
| 1.2.2 小麦分蘖的遗传 |
| 1.2.3 小麦分蘖的分子调控机制 |
| 1.3 小RNA的研究进展 |
| 1.3.1 植物miRNA的合成与作用机制 |
| 1.3.2 miRNA在植物发育中的调控作用 |
| 1.3.3 miRNA在植物分蘖发育过程中的作用 |
| 1.4 转录因子GRFs家族的研究进展 |
| 1.4.1 GRFs蛋白的结构特征 |
| 1.4.2 GRFs家族基因功能的研究进展 |
| 1.4.3 GRFs在分蘖发育中的调控作用 |
| 2 引言 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 植株材料 |
| 3.2 主要仪器与试剂 |
| 3.2.1 仪器 |
| 3.2.2 试剂 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 国麦301和突变体dmc植株表型观察 |
| 3.3.2 国麦301和突变体dmc分蘖组织显微观察 |
| 3.3.3 国麦301和突变体dmc分蘖组织化学切片观察 |
| 3.3.4 小麦总RNA提取 |
| 3.3.5 miRNA组测序 |
| 3.3.6 叶绿素含量和光合作用指标的测定 |
| 3.3.7 可溶性糖含量的测定 |
| 3.3.8 激素含量的测定 |
| 3.3.9 差异表达miRNA的RT-qPCR验证 |
| 3.3.10 miRNA靶基因的RT-qPCR验证 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 国麦301和突变体dmc的组织学观察 |
| 4.2 国麦301和突变体dmc的组织化学观察 |
| 4.3 国麦301和突变体dmc的miRNA组分析 |
| 4.3.1 测序数据及比对 |
| 4.3.2 在突变体dmc和国麦301中差异表达miRNA的筛选 |
| 4.3.3 差异表达miRNAs的靶基因以及其功能分类 |
| 4.4 分蘖期国麦301和突变体dmc光合指标 |
| 4.5 突变体dmc的关键糖代谢途径分析 |
| 4.6 分蘖期国麦301和突变体dmc可溶性糖含量 |
| 4.7 突变体dmc的生长素、玉米素、赤霉素代谢途径分析 |
| 4.8 分蘖期国麦301和突变体dmc激素含量测定 |
| 4.9 国麦301和dmc分蘖组织的miRNA-mRNA表达谱联合分析 |
| 4.10 10个DEMs和8个DEGs在突变体dmc分蘖原基中的表达模式 |
| 5 结论与讨论 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 讨论 |
| 5.2.1 突变体dmc分蘖原基缺少蛋白质和能量 |
| 5.2.2 一些重要的miRNAs参与调控小麦分蘖 |
| 5.2.3 miRNAs参与调节突变体dmc的能量代谢 |
| 5.2.4 miRNAs参与调节突变体dmc激素代谢和信号转导 |
| 5.2.5 miRNAs在突变体dmc中调节生长调节因子 |
| 5.2.6 miRNA-mRNA调控网络在突变体dmc中发挥作用 |
| 参考文献 |
| ABSTRACT |
（6）超级稻天优998重要农艺性状的遗传基础解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻高产优质的概念及研究进展 |
| 1.1.1 水稻高产的概念与意义 |
| 1.1.2 水稻优质的概念 |
| 1.1.3 水稻高产的研究进展 |
| 1.1.4 水稻优质的研究进展 |
| 1.2 水稻高产构成因素的研究现状 |
| 1.2.1 茎杆性状 |
| 1.2.2 分蘖性状 |
| 1.2.3 穗部性状 |
| 1.3 水稻品质性状研究现状 |
| 1.3.1 外观、碾磨品质性状 |
| 1.3.2 蒸煮、营养品质性状 |
| 1.4 分子标记与QTL研究进展 |
| 1.4.1 分子标记 |
| 1.4.2 全基因组重测序(WGS) |
| 1.4.3 QTL定位研究 |
| 1.5 水稻重要农艺经济性状QTL研究进展 |
| 1.5.1 茎杆性状QTL |
| 1.5.2 分蘖性状QTL |
| 1.5.3 每穗粒数与千粒重等性状QTL |
| 1.5.4 外观、碾磨品质性状的QTL |
| 1.5.5 蒸煮、营养品质性状的QTL |
| 1.5.6 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.2 材料种植与性状考察 |
| 2.2.1 材料种植 |
| 2.2.2 产量性状考察 |
| 2.2.3 品质性状考察 |
| 2.3 DNA提取及基因型分析 |
| 2.3.1 DNA提取 |
| 2.3.2 测序程序 |
| 2.4 各性状的QTL分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序和SNP检测结果 |
| 3.1.1 测序 |
| 3.1.2 SNP检测 |
| 3.1.3 Bin分析及遗传图谱的构建 |
| 3.2 亲本及RIL群体株型相关性状的表型与变异 |
| 3.2.1 亲本及RIL群体茎秆性状的表型分析 |
| 3.2.2 亲本及RIL群体分蘖性状的表型分析 |
| 3.2.3 亲本及RIL群体穗粒数与千粒重等性状的表型分析 |
| 3.2.4 亲本及RIL群体碾磨品质性状的表型分析 |
| 3.2.5 亲本及RIL群体外观品质性状的表型分析 |
| 3.2.6 亲本及RIL群体蒸煮品质性状的表型分析 |
| 3.3 QTL分析结果 |
| 3.3.1 茎秆性状QTL分析 |
| 3.3.2 分蘖性状QTL分析 |
| 3.3.3 穗粒数与千粒重等性状QTL分析 |
| 3.3.4 碾磨品质性状QTL分析 |
| 3.3.5 外观品质性状QTL分析 |
| 3.3.6 蒸煮品质性状QTL分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 QTL定位结果与已报道的QTL比较 |
| 4.1.1 茎秆性状QTL比较 |
| 4.1.2 分蘖性状QTL比较 |
| 4.1.3 穗粒数与千粒重等性状QTL比较 |
| 4.1.4 碾磨品质性状QTL比较 |
| 4.1.5 外观品质性状QTL比较 |
| 4.1.6 蒸煮品质性状QTL比较 |
| 4.2 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）水稻不育系培矮64S分蘖角度基因的初步定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 水稻分蘖角度与育种 |
| 1.1.1 水稻分蘖角度的研究背景 |
| 1.1.2 水稻分蘖角度的定义 |
| 1.1.3 水稻分蘖角度与理想株型的关系 |
| 1.1.4 水稻分蘖角度与产量的关系 |
| 1.2 水稻分蘖角度研究进展 |
| 1.2.1 水稻分蘖角度的遗传分析 |
| 1.2.2 影响水稻分蘖角度的环境因素 |
| 1.2.3 影响水稻分蘖角度的激素 |
| 1.3 基因定位技术介绍 |
| 1.3.1 测序技术的研究进展 |
| 1.3.2 混合池分组分析方法 |
| 1.3.3 QTL-seq定位方法 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第2章 光照周期与向地性反应对分蘖角度的影响 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验试剂 |
| 2.1.3 培养基的配制 |
| 2.1.4 实验仪器与设备 |
| 2.1.5 实验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同光照周期对水稻分蘖角度的影响 |
| 2.2.2 向重力性反应对水稻分蘖角度的影响 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第3章 QTL-seq法快速定位水稻分蘖角度基因 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 实验仪器与设备 |
| 3.1.4 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 水稻表型统计与分析 |
| 3.2.2 水稻分蘖基部组织观察结果与分析 |
| 3.2.3 DNA质量检测结果 |
| 3.2.4 测序数据质量评估 |
| 3.2.5 子代SNP与 InDel检测以及注释 |
| 3.2.6 子代SNP与 InDel频率差异分析 |
| 3.2.7 目标性状区域定位 |
| 3.2.8 相关基因的表达量分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 |
| 致谢 |
（8）尼瓦拉野生稻单片段代换系的完善及驯化相关基因的定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩写词及英汉对照 |
| 1 前言 |
| 1.1 AA组野生稻分类及生物学特性 |
| 1.1.1 野生稻与栽培稻的亲缘和进化关系 |
| 1.1.2 尼瓦拉野生稻 |
| 1.2 AA组野生稻染色体片段代换系的构建 |
| 1.2.1 AA组野生稻染色体片段代换系构建的研究进展 |
| 1.2.2 野生稻驯化基因的研究进展 |
| 1.3 水稻分蘖角度基因鉴定的研究进展 |
| 1.3.1 水稻分蘖角的驯化与生产意义 |
| 1.3.2 水稻分蘖角基因遗传研究 |
| 1.3.3 水稻分蘖角基因的克隆及机理研究 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 2 尼瓦拉野生稻单片段代换系的完善 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 供试材料 |
| 2.2.2 单片段代换系的构建方法 |
| 2.2.3 室内杂交 |
| 2.2.4 片段信息检测方法 |
| 2.2.5 代换片段长度的计算 |
| 2.2.6 数据分析和作图软件 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 小结 |
| 3 基于SSSL的尼瓦拉野生稻相关驯化性状基因鉴定 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 主要设备仪器 |
| 3.2.3 性状调查方法 |
| 3.2.4 片段信息检测方法 |
| 3.2.5 PCR产物回收与纯化 |
| 3.2.6 序列分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 落粒基因SHA1的鉴定 |
| 3.3.2 散穗基因的鉴定 |
| 3.3.3 芒基因鉴定 |
| 3.3.4 匍匐基因的鉴定 |
| 3.4 小结 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 野生稻蕴藏丰富的基因资源 |
| 4.1.2 单片段代换系为野生稻基因发掘提供重要平台 |
| 4.1.3 水稻新株型育种 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（9）控制水稻氮响应和产量相关性状QTLs的精细定位及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 水稻的重要性及其面临的问题 |
| 1.2 水稻产量三要素形成的遗传基础 |
| 1.2.1 水稻分蘖数重要基因的克隆和功能研究 |
| 1.2.2 水稻穗粒数重要基因的克隆和功能研究 |
| 1.2.3 水稻粒重基因的克隆和功能研究 |
| 1.2.4 水稻株型相关QTL的研究进展 |
| 1.3 水稻氮高效利用的遗传机制 |
| 1.3.1 氮吸收和转运的基因克隆和功能研究 |
| 1.3.2 水稻氮同化的基因克隆和功能研究 |
| 1.3.3 水稻氮高效吸收利用的QTLs定位和基因功能研究 |
| 1.4 高通量测序在植物QTL定位中的应用 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.5.1 问题的提出和拟解决的科学问题 |
| 1.5.2 研究思路和技术路线 |
| 第二章 资源材料筛选以及连锁遗传图谱构建 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 作图群体构建 |
| 2.2.2 DNA提取和测序 |
| 2.2.3 SNP calling |
| 2.2.4 Binmap构建 |
| 2.2.5 连锁遗传图谱构建 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 水稻资源材料的氮响应筛选和表型鉴定 |
| 2.3.2 重组自交系的构建和测序 |
| 2.3.3 亲本SNP calling结果 |
| 2.3.4 重组自交系SNP calling和SNP过滤 |
| 2.3.5 Binmap结果分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 控制水稻产量相关性状的QTLs定位 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 群体种植 |
| 3.2.2 表型测量 |
| 3.2.3 表型数据分析 |
| 3.2.4 QTL定位分析 |
| 3.2.5 NAL1基因的单倍型分析 |
| 3.2.6 NAL1进化树构建 |
| 3.2.7 NAL1驯化和人工选择分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 亲本间的表型差异 |
| 3.3.2 RILs群体的表型分布分析 |
| 3.3.3 RILs群体产量相关性状间的相关性分析 |
| 3.3.4 RILs群体的农艺性状QTL定位分析 |
| 3.3.4.1 已知候选基因分析 |
| 3.3.4.2 QTL多性状单环境分析 |
| 3.3.4.3 QTL单性状多环境定位分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 控制水稻氮响应主效QTLs定位 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 田间群体种植 |
| 4.2.2 营养液栽培群体种植 |
| 4.2.3 表型数据收集 |
| 4.2.4 表型数据分析 |
| 4.2.5 QTL定位分析 |
| 4.2.6 基因聚合分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 氮响应表型分析 |
| 4.3.2 田间农艺性状及其氮响应值的相关性分析 |
| 4.3.3 营养液栽培条件下水稻氮响应QTLs分析 |
| 4.3.4 田间产量性状氮响应QTL分析 |
| 4.3.5 田间不同氮水平下产量相关性状QTLs分析 |
| 4.3.6 优异等位基因聚合分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 dep1调控氮利用效率的机理研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 供试材料 |
| 5.2.2 表型和生物量测量 |
| 5.2.3 植株氮含量测定 |
| 5.2.4 木质部汁液收集 |
| 5.2.5 ~(15)N同位素标记实验 |
| 5.2.6 NO_3~-和NH_4~+含量测定 |
| 5.2.7 谷氨酰胺合成酶(GS)活性测定 |
| 5.2.8 光合作用和光呼吸速率测定 |
| 5.2.9 氨气的收集以及测定 |
| 5.2.10 实时定量PCR(qRT-PCR)分析 |
| 5.2.11 水稻ACR蛋白家族进化树构建 |
| 5.2.12 GFP融合蛋白亚细胞定位分析 |
| 5.2.13 拟南芥原生质体蛋白互作实验 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 营养液栽培条件下,近等基因系氮响应能力的差异 |
| 5.3.2 近等基因系低氮条件下氮吸收能力的差异 |
| 5.3.3 近等基因系高氮条件下,氮利用效率的差异 |
| 5.3.4 OsGS2亚细胞定位和蛋白互作分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 综合讨论 |
| 6.1 高精度连锁遗传图谱的构建 |
| 6.2 控制水稻产量相关性状的QTLs的挖掘与验证 |
| 6.3 控制水稻产量相关性状氮响应的QTLs的挖掘与分析 |
| 6.4 dep1调控氮利用效率机制的初步解析 |
| 第七章 创新点、结论和展望 |
| 7.1 创新点 |
| 7.2 主要结论 |
| 7.3 研究展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表论文情况 |
（10）水稻少分蘖突变体lt8601和卷叶突变体rl8354的遗传分析和基因定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 水稻少分蘖突变体lt8601的遗传分析和基因定位 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 水稻生长发育及规律 |
| 1.1.1 水稻的生长发育 |
| 1.1.2 水稻的形成规律 |
| 1.2 水稻分蘖生长的影响因素 |
| 1.2.1 外界环境对水稻分蘖的影响 |
| 1.2.2 植物激素对水稻分蘖的影响 |
| 1.3 水稻分蘖发生的分子机制 |
| 1.3.1 水稻分蘖基因数量性状研究 |
| 1.3.2 水稻分蘖基因质量性状研究 |
| 1.4 水稻分蘖相关基因的克隆 |
| 1.4.1 MOCl基因 |
| 1.4.2 OsTB1基因 |
| 1.4.3 D3基因 |
| 1.4.4 HTD1基因 |
| 1.4.5 D10基因 |
| 1.4.6 D14基因 |
| 1.4.7 D27基因 |
| 1.5 实验的目的和意义 |
| 第二章 材料方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 主要农艺性状的调查 |
| 2.2.2 遗传特性分析 |
| 2.2.3 定位群体构建与DNA的提取 |
| 2.2.4 分子标记分析和遗传图谱的构建 |
| 第三章 结果分析 |
| 3.1 lt8601突变体的形态特征及主要农艺性状表现 |
| 3.2 lt8601突变体的遗传分析 |
| 3.3 定位群体的构建及基因定位 |
| 3.4 lt8601突变体的Mut Map克隆及候选基因鉴定与生物信息学分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 lt8601是一个新的水稻少分蘖基因 |
| 4.2 分蘖基因研究的意义 |
| 水稻卷叶突变体rl8354的遗传分析和基因定位 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 水稻叶片形态结构 |
| 1.1.1 叶片 |
| 1.1.2 叶舌和叶耳 |
| 1.1.3 叶鞘 |
| 1.2 水稻叶的生长发育 |
| 1.2.1 叶原基的起始 |
| 1.2.2 极性的建立 |
| 1.3 水稻卷叶的类型 |
| 1.4 已经定位和克隆的卷叶基因 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 主要农艺性状的调查 |
| 2.2.2 rl8354突变体的遗传特性分析 |
| 2.2.3 定位群体构建与DNA的提取 |
| 2.2.4 分子标记的开发和遗传图谱的构建 |
| 第三章 结果分析 |
| 3.1 rl8354卷叶突变体的表型和农艺性状分析 |
| 3.2 rl8354突变体的遗传分析 |
| 3.3 定位群体的构建及基因定位 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 rl8354可能是一个新的水稻内卷叶基因 |
| 4.2 导致水稻叶片内卷的原因及卷叶在育种中的应用 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
四、水稻分蘖角度的QTLs分析（论文参考文献）
- [1]水稻分蘖角度基因TAC8的功能分析[D]. 陈雅. 湖南农业大学, 2020
- [2]基于连锁和关联分析的水稻耐盐性QTL定位与候选基因发掘[D]. 耿雷跃. 中国农业科学院, 2020
- [3]粳稻株型相关性状全基因组关联分析及候选基因挖掘[D]. 张继峰. 东北农业大学, 2020(04)
- [4]水稻TE2基因调控分蘖数的分子机理研究[D]. 王勇祥. 浙江师范大学, 2020(01)
- [5]影响小麦突变体dmc分蘖的能量代谢和miRNA调控研究[D]. 安俊航. 河南农业大学, 2020(06)
- [6]超级稻天优998重要农艺性状的遗传基础解析[D]. 何胜. 仲恺农业工程学院, 2020(07)
- [7]水稻不育系培矮64S分蘖角度基因的初步定位[D]. 黄卫衡. 湖南大学, 2019(06)
- [8]尼瓦拉野生稻单片段代换系的完善及驯化相关基因的定位[D]. 郭梓盛. 华南农业大学, 2018(08)
- [9]控制水稻氮响应和产量相关性状QTLs的精细定位及其功能研究[D]. 徐晓鹏. 华南农业大学, 2018(08)
- [10]水稻少分蘖突变体lt8601和卷叶突变体rl8354的遗传分析和基因定位[D]. 胡春. 四川农业大学, 2018(02)